Saltar al contenido

BuscoPhylo: un servidor web para el análisis filogenómico basado en Busco para no especialistas

17 de octubre de 2022
  • Kapli, P., Yang, Z. & Telford, MJ Construcción de árboles filogenéticos en la era genómica. Nat. Rev. Genet. 21428–444 (2020).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Delsuc, F., Brinkmann, H. & Philippe, H. La filogenómica y la reconstrucción del árbol de la vida. Nat. Rev. Genet. 6361–375 (2005).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Zhu, q. et al. La filogenómica de 10.575 genomas revela proximidad evolutiva entre los dominios Bacteria y Archaea. Nat. común 105477 (2019).

    ADS CAS Artículo Google Académico

  • Young, AD & Gillung, JP Phylogenomics: Principios, oportunidades y peligros de la filogenética de big data. sist. Entomol. 45225–247 (2020).

    Artículo Google Académico

  • Misof, B. et al. La filogenómica resuelve el momento y el patrón de evolución de los insectos. Ciencias 346763–767 (2014).

    ADS CAS Artículo Google Académico

  • Jayi, S. et al. Genoma completo del cloroplasto de Argania espinosa: Organización estructural y relaciones filogenéticas en sapotaceae. Plantas 91354 (2020).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Serna-Sánchez, MA et al. La filogenómica de los plástidos resuelve las relaciones ambiguas dentro de la familia de las orquídeas y proporciona un marco temporal sólido para la biogeografía y la macroevolución. ciencia Reps. 116858 (2021).

    Anuncios Artículo Google Académico

  • Altenhoff, AM & Dessimoz, C. Evaluación filogenética y funcional de proyectos y métodos de inferencia de ortólogos. Cómputo PLoS. Biol. 5e1000262 (2009).

    Anuncios Artículo Google Académico

  • Gabaldón, T. Asignación de ortología a gran escala: ¿Vuelta a la filogenética?. Genoma Biol. 9235 (2008).

    Artículo Google Académico

  • Waterhouse, RM, Tegenfeldt, F., Li, J., Zdobnov, EM y Kriventseva, EV OrthoDB: un catálogo jerárquico de ortólogos de animales, hongos y bacterias. Ácidos Nucleicos Res. 41D358–D365 (2013).

    Recomendado:  Inteligencia computacional para el análisis de datos

    Artículo de CAS Google Académico

  • Simão, FA, Waterhouse, RM, Ioannidis, P., Kriventseva, EV & Zdobnov, EM BUSCO: Evaluación del ensamblaje del genoma y la integridad de la anotación con ortólogos de copia única. Bioinformática 313210–3212 (2015).

    Artículo Google Académico

  • Manni, M., Berkeley, MR, Seppey, M. & Zdobnov, EM BUSCO: Evaluación de la calidad de los datos genómicos y más allá. actual Protocolo 1323 (2021).

    Artículo Google Académico

  • Manni, M., Berkeley, MR, Seppey, M., Simão, FA & Zdobnov, EM Actualización de BUSCO: flujos de trabajo novedosos y optimizados junto con una cobertura filogenética más amplia y profunda para la puntuación de genomas eucariotas, procariotas y virales. mol. Biol. Evol. https://doi.org/10.1093/molbev/msab199 (2021).

    Artículo PubMed PubMed Central Google Académico

  • Brinkman, FSL, Wan, I., Hancock, REW, Rose, AM y Jones, SJ PhyloBLAST: facilitación del análisis filogenético de los resultados de BLAST. Bioinformática 17385–387 (2001).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Lin, C.-Y. et al. POTENCIA: PhylOgenetic WEB Repeater: un marco integrado y optimizado para el usuario para el análisis filogenético biomolecular. Ácidos Nucleicos Res. 33W553–W556 (2005).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Glanville, JG, Kirshner, D., Krishnamurthy, N. & Sjolander, K. Servidores web del grupo de filogenómica de Berkeley: recursos para el análisis filogenómico estructural. Ácidos Nucleicos Res. 35W27–W32 (2007).

    Artículo Google Académico

  • Más profundo, A. et al. Phylogeny.fr: Análisis filogenético robusto para los no especialistas. Ácidos Nucleicos Res. 36W465–W469 (2008).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Edgar, RC MUSCLE: Un método de alineación de secuencias múltiples con complejidad de tiempo y espacio reducida. BMC Bioinforme. 5113 (2004).

    Artículo Google Académico

    Recomendado:  Las principales empresas de Japón: ¿Se convertirán las 'cuatro grandes' de Japón en las cinco grandes?

  • Capella-Gutiérrez, S., Silla-Martínez, JM & Gabaldón, T. trimAl: Una herramienta para el recorte de alineación automatizado en análisis filogenéticos a gran escala. Bioinformática 251972–1973 (2009).

    Artículo Google Académico

  • Shen, W., Le, S., Li, Y. & Hu, F. SeqKit: un conjunto de herramientas multiplataforma y ultrarrápido para la manipulación de archivos FASTA/Q. Más uno 11e0163962 (2016).

    Artículo Google Académico

  • Nguyen, L.-T., Schmidt, HA, von Haeseler, A. & Minh, BQ IQ-TREE: un algoritmo estocástico rápido y efectivo para estimar filogenias de máxima verosimilitud. mol. Biol. Evol. 32268–274 (2015).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Kalyaanamoorthy, S., Minh, BQ, Wong, TKF, von Haeseler, A. y Jermiin, LS ModelFinder: selección rápida de modelos para estimaciones filogenéticas precisas. Nat. Métodos 14587–589 (2017).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Huerta-Cepas, J., Serra, F. & Bork, P. ETE 3: Reconstrucción, análisis y visualización de datos filogenómicos. mol. Biol. Evol. 331635-1638 (2016).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Motyka-Pomagruk, A. et al. La genómica comparativa y los estudios orientados al pangenoma revelan una alta homogeneidad del patógeno vegetal enterobacteriano agronómicamente relevante Dickeya solani. Genómica BMC 21449 (2020).

    Artículo de CAS Google Académico

  • Jayi, S. et al. La genómica de poblaciones revela transferencias horizontales de genes aditivos y reemplazantes en el patógeno emergente dickeya solani. Genómica BMC dieciséis1 (2015).

    Artículo Google Académico

  • Laurence, MH, Summerell, BA, Burgess, LW & Liew, ECY Concordancia genealógica filogenética reconocimiento de especies en el Fusarium oxysporum complejo de especies. Biología fúngica. 118374–384 (2014).

    Artículo Google Académico

  • O’Donnell, K., Kistler, HC, Cigelnik, E. & Ploetz, RC Múltiples orígenes evolutivos del hongo que causa la enfermedad de Panamá del banano: Evidencia concordante de genealogías de genes nucleares y mitocondriales. proc. nacional Academia ciencia EE.UU. 952044-2049 (1998).

    Recomendado:  El tamaño del mercado de Big Data y aprendizaje automático en las telecomunicaciones se expandirá de manera trascendental durante 2022-2026

    Anuncios Artículo Google Académico

  • Van Dam, P. et al. Los perfiles efectores distinguen formas especiales de Fusarium oxysporum: Los perfiles efectores distinguen formas especiales de Fo. Reinar. Microbiol. 184087–4102 (2016).

    Artículo Google Académico

  • Jayi, S. et al. Genoma mitocondrial completo y filogenia del agente causal de la enfermedad de Bayoud en palmera datilera, Fusarium oxysporum F. sp. albedinis. ADN mitocondrial B 63059–3061 (2021).

    Artículo Google Académico

  • Armitage, AD et al. Caracterización de regiones específicas de patógenos y nuevos candidatos efectores en Fusarium oxysporum F. sp. cepae. ciencia Reps. 813530 (2018).

    Anuncios Artículo Google Académico